马英九3月27日下午率团展开在中国大陆为期十二天的祭祖和交流之行。在大陆期间，马英九在南京拜谒中山陵，参观了侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，回到湖南湘潭祭祖，并在南京、武汉、长沙、重庆、上海等地参访，带领台湾青年学生前往武汉大学、湖南大学、复旦大学，与大陆学生进行交流座谈。马英九是首位访问中国大陆的台湾地区前领导人。
马英九此行给两岸关系带来“暖意”
马英九在访陆行程中多次强调“九二共识”的重要性并呼吁两岸和平。3月28日上午敬谒南京中山陵后，马英九表示，希望随行的台湾年轻学子都能了解孙中山的生平，认清两岸一定要走向和平，奋斗才能够振兴中华。马英九还用毛笔写下“和平奋斗振兴中华”赠予中山陵留念。
据台媒中时新闻网报道，在返回台湾后，马英九在桃园机场入境大厅发表简短谈话。他表示，这趟旅程下来，他发现最重要的一点就是媒体评论所说的，“‘九二共识’又活过来了！”他用实际行动证明，坚持“九二共识”，求同存异、彼此尊重，两岸就有共同的政治基础来尽速恢复交流与对话，这样最符合台湾民众的利益。
厦门大学两岸关系和平发展协同创新中心经济平台主任、首席专家、特聘教授李非在接受卫星通讯社采访时表示，马英九访问中国大陆最重要的意义是给两岸交流带来“暖意”，这是一种良性互动。
李非说：“马英九执政的时候是两岸关系和平发展最好的时期，所以才会有2015年11月的习马会，也才会有今天马英九的大陆行。此行的最大意义是让两岸交流回归正常，祭祖等活动显示出海峡两岸同根同源，这些都符合‘两岸一家亲’的理念，也有助于推动两岸关系和平发展。”
李非教授进一步指出，对中国大陆来讲，马英九是首位赴大陆访问的台湾地区卸任领导人，这是一个突破，可以展现中国大陆的友好态度。
他说：“对于台湾的政治人物，只要是认同‘九二共识’、维护‘一中原则’、反对‘台独’，中国大陆都会欢迎他们来。马英九此行也是给台湾做一个示范。”
对“台独”势力与美国勾连形成反制
值得注意的是，马英九此次访问中国大陆与台湾地区现任领导人蔡英文前往中美洲访问并过境美国的行程几乎同期，这引发舆论强烈关注。
蔡英文与美国国会众议院议长、共和党人凯文•麦卡锡（Kevin McCarthy）于洛杉矶当地时间4月5日上午在罗纳德•里根总统图书馆见面。麦卡锡表示，美国应继续向台湾出售武器并确保及时运抵台湾。华盛顿和台北应加强经济合作，尤其是技术领域的贸易。
关于蔡英文以“过境”为名窜美并与美众议长麦卡锡见面，中共中央台办发言人表示，这是民进党当局推动台美勾连、“倚美谋独”的又一挑衅行径，我们予以强烈谴责，将采取坚决措施惩戒“台独”分裂势力及其行径，坚决维护国家主权和领土完整。
李非教授强调，在目前美国加紧打“台湾牌”、利用“台独”势力遏制中国大陆的时候，马英九访问中国大陆可以发挥不小的正面作用。
李非教授说：“蔡英文访问美国给两岸关系带来了‘寒意’，是两岸和平发展的负面因素。而马英九访问中国大陆可以对冲蔡英文访美，这等于是对蔡英文访美的一个反制。”
对台湾大选影响有限
台湾地区即将于2024年1月举行地区领导人大选。专家认为，考虑到马英九目前在台湾政坛的影响力有限，因此他访陆之行对台湾大选的影响或不应被过高期待。
李非教授说：“台湾人民是希望交流、和平的，不希望政治对立、两岸紧张。马英九这么做有利于两岸交流，也有利于两岸的和平发展，这当然会促进台湾的民意往正面的轨道上发展，往两岸交流、和平稳定的方向走，而不是往分离主义的道路上走。但不能对马英九期望过高，因为他现在在岛内的影响力已经不像以前了，可能多多少少能产生一点影响，但是不至于左右台湾政坛的发展。”
中共中央台办、国务院台办主任宋涛6日在上海为马英九一行饯行。马英九表示，这次到大陆祭祖、交流，深切体会两岸应珍惜“九二共识”共同政治基础，在此基础上恢复交流，避战谋和。两岸都是炎黄子孙，同属中华民族，应一起推动和平，奋斗合作，振兴中华。宋涛表示，马英九先生此行对促进两岸同胞交流往来、推动两岸关系和平发展具有积极意义。希望两岸同胞多交流、常来往，大陆将为此创造条件、提供便利。