中共中央台办、国务院台办主任宋涛6日在上海为马英九一行饯行。马英九表示，这次到大陆祭祖、交流，深切体会两岸应珍惜“九二共识”共同政治基础，在此基础上恢复交流，避战谋和。两岸都是炎黄子孙，同属中华民族，应一起推动和平，奋斗合作，振兴中华。
宋涛表示，马英九先生此行对促进两岸同胞交流往来、推动两岸关系和平发展具有积极意义。希望两岸同胞多交流、常来往，大陆将为此创造条件、提供便利。
3月27日，马英九率团抵达上海，并赴南京，开始首次大陆之行。在大陆期间，马英九在南京拜谒中山陵，参观了侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，回到湖南湘潭祭祖，并在南京、武汉、长沙、重庆、上海等地参访，带领台湾青年学生前往武汉大学、湖南大学、复旦大学，与大陆学生进行交流座谈。
这是74年以来首次有台湾地区领导人卸任后访问大陆。