1月2日，哈姆杜克在苏丹政治危机和国内示威的背景下宣布辞职。他表示，在自己任职期间，他“试图避免国家陷入灾难”。他说，苏丹政治各方对话是“向文职和民主政府过渡”的解决办法。
消息人士说，政治协议的关键内容之一，是军方不干涉哈姆杜克的政治任命。然而，从各方面来看，军方对总理提出的一些部长人选感到不满。
据一位高级文官说，辞职的另一个原因，是12月30日宣布重建总情报局，其在前总统奥马尔·巴希尔治下称为国家情报局。据CNN报道，该组织负责残酷镇压苏丹的抗议活动。
消息人士表示，恢复该机构的影响力，触碰到了哈姆杜克的“红线”。一位消息人士对CNN说：“恢复情报局的逮捕权和搜查权，继续镇压示威者，成为压倒哈姆杜克和（军方领袖）布尔汗之间协议的最后一根稻草。”
苏丹军方于10月25日拘留了总理阿卜杜拉·哈姆杜克和其他几名政府成员。苏丹过渡主权委员会主席阿卜杜勒·法塔赫·布尔汉在向全国发表电视讲话时宣布进入紧急状态并解散该国政府。新的苏丹主权委员会再次由布尔汉领导。11月中旬，布尔汉和被解职的哈姆杜克签署了一份政治协议，规定总理重返他的职位。政治宣言的要点之一是释放该国所有的政治犯。该协议保证在先前规定的期限内将该国的权力移交给文职政府。喀土穆几乎每周都有反对政治协议和军事当局的示威。警方经常对抗议者使用催泪瓦斯。