美菲两国军事合作的具体形式目前由2014年签署的《加强国防合作协议》（EDCA）决定。EDCA对各种形式的合作做出了规定，包括美国帮助菲律宾实现武装部队现代化、举行联合演习、情报交流等。
在EDCA框架内美国军队获得了进入菲律宾领土的机会，实际上美国驻军已经具有永久性的特点。随着中美关系的恶化，这项协议的意义日显重要。
然而，签署于1998年的这份没有政治特点的VFA，提供了实施与美军向菲律宾派遣部队有关的任何合作计划的法律条件。如果没有这个协议，美国和菲律宾将不得不为美国每次部署军队进行单独谈判，这将需要时间，在许多情况下几乎是不可能的。
从国内政治角度看，VFA也是菲律宾的一份重要协议。该协议严格限制菲律宾司法系统对菲境内美军的管辖权。它多次被美国用来保护在菲律宾犯下严重罪行的美国军事人员，包括强奸。每次都惹起公愤。VFA还允许美国军队自由把货物进口到菲律宾，而无需接受检查，也不用交关税。该文件允许美国船只和飞机以及军队在菲律宾境内自由移动。
退出VFA后，菲律宾将能大大减少或实际上瘫痪与美国的军事合作，同时又不影响两国间现有的军事政治协定。但不能排除这只是第一步，以后有可能撕毁EDCA协议。
这两个国家都没有放弃规定着与美国结盟的基本文件（土耳其仍然是北约成员，菲律宾也保留着1951年的条约），但实际上正在减少与美国的合作。而威胁减少在军事领域与美国合作，被它们用作对华盛顿施压的手段。
同对待土耳其一样，美国人当然也对在菲律宾的军事存在感兴趣，一旦南海局势恶化，这种存在的重要性将更大。还是同对待土耳其一样，国内政治局势和意识形态考量，不允许美国与菲律宾达成会让菲律宾总统杜特尔特满意的协议。
减少与美方合作，炫耀般地加强与中俄合作，菲律宾不能在这方面走得太远。美国虽然已不再是老大哥和宗主国，但仍然是菲律宾多矢量外交政策的最重要伙伴和重要方向。如有必要，仍有各种可能恢复合作。今后将在很大程度上取决于中俄为巩固当今菲律宾外交政策中出现的积极变化同菲方加强合作的效果。