遭拒的理由是出于安全考虑。现政府解释说，马英九离职还不到一个月，而离职前掌握秘密信息。决定不让马英九去香港，是因为作为中国特别行政区“香港的地位很敏感”，以及双方安全部门缺乏合作经验。
根据台湾法律，所有离职的高管和政府成员，在离职后的三年内计划出访，都应向政府有关部门提出申请，而且许多申请都能获得批准。由于马英九两任期执政时海峡两岸关系蓬勃发展，贵宾的行程不再稀奇。甚至一些退伍高级军官和情报部门的工作人员都能获得前往大陆的许可。
当然，每个申请都有自己的特殊情况。或许马英九是个特例。然而，禁止他入港已经在岛内引起很大反响。马英九过去的一些近友认为，当局不仅不尊重马英九本人，而且还有损台湾的民主形象。而国民党高层则把政府的这一步看成是蔡英文政府缺乏善意和自信。
这一决定的做出当然是有其政治动机的。如果马英九决定去美国、日本或西欧，台新政府未必会反对。香港是一个敏感的地方，很有可能甚至都不是因为马英九在那里会马上成为中国情报部门的“捕猎”对象。香港，是中国成功实施“一国两制”的典范。看来台湾现政府担心，马英九去香港将成为马英九成为另一公众人物后的首个“表演”。或许北京也不会反对继续同马英九对话，以巩固去年11月习近平和马英九新加坡会晤时取得的成功。
马英九独立同北京对话，当然不会让蔡英文喜欢，后者有自己处理同大陆关系的立场。也许，马英九赴港遭拒是在向他发出一个信号：现在不希望看到类似活动。在两岸关系处于“暂冷”之时，台湾现政府显然也不想在目前这种情况下让国民党高出一头。
观察家们在此看到的是执政的民进党与成为反对派的国民党之间斗争的升级。斗争将围绕台湾政治的中心问题。这个问题在新领导人就职后也并未消失。这就是：台湾与中国大陆的关系将建立在什么原则之上？
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