穆沙拉夫没有出现在关于2007年巴基斯坦特种部队攻击红色清真寺时神职人员阿卜杜勒·拉希德·加齐被杀害一案的庭审上,因此最高法院发出了逮捕穆沙拉夫的命令。其教区居民2007年7月3日称,退出巴基斯坦法典,并在自己的地区内引入伊斯兰教法。当局攻击清真寺导致约100人死亡,他们主要是伊斯兰学校的学生。死者中有清真寺的主教加齐,以及他的母亲和侄子。相关刑事案件的当事人是穆沙拉夫,他在2013年9月初因加齐儿子的请求被刑事立案。
穆沙拉夫还被指控“于2007年的骚乱期间在国内实施紧急状态”和“中止宪法”,因此法庭认为他犯有叛国罪。穆沙拉夫称自己无罪。他强调,“我所做的一切都是为了国家和自己的人民。我被自己被称为卖国贼感到难过”。如果穆沙拉夫被证明有罪,他将面临死刑或无期徒刑。他的律师要求将关于他的案件材料移交给军事司法机构。