穆斯林政党和许多人权组织就这些修正案向印度最高法院提出质疑。预计将于2020年1月22日审理这些质疑。修正案旨在加速2014年12月31日之前从阿富汗、孟加拉国和巴基斯坦等国进入印度的印度教徒、帕西斯派、锡克教徒、佛教徒，耆那教徒和基督教徒受迫害者获得国籍。与他们一起进入印度境内的还有众多穆斯林人，但12月11日通过的修正案并不适用于这些人。
印度穆斯林抗议者对莫迪总理的指控主要归结为违反宪法。莫斯科大学专家鲍里斯·沃尔洪斯基在接受卫星通讯社采访时就印度当前局势评论道：“实际上，在印度历史上第一次某些特权是基于宗教原因而赋予的。印度是世俗化国家，这已被写入宪法。因此马上就出现一个问题——为什么要基于宗教而提供这些或那些好处。反对党说，这有违反宪法。他们在修正案中看到的是，莫迪仍在延续特权赋予路线，并将严格遵守印度教各种规则规范的原则应用到国家政策层面。”
印度政府声明，《公民法》修正案不适用于穆斯林人，因为他们不是阿富汗、巴基斯坦和孟加拉国内受迫害的少数民族。批评者们并不接受这一立场，其中他们就问道，为什么修正案在这种情况下不适用于得以从斯里兰卡和缅甸逃出的穆斯林人。那里人口中的大多数是佛教徒。
通过的《公民法》修正案迫使反对派对2019年执政的印度人民党（BJP）的主要纲领性文件采取严厉批评的态度。其中，作为该党的政治目标之一，宣布在全国范围内分阶段实施“国民登记”制度。在印度，由于各种原因，许多移民没有官方文件。据称，新的注册将有助于使这方面的情况更加透明。而人权活动家和反对派则认为，由于他们信仰穆斯林，因此不会被列入《国家公民登记册》。这将为当局迫害他们提供法律依据，包括把他们安置在无国籍人中心。
该注册表于2015年开始在民族众多的东北部阿萨姆邦使用，成为最高法院认定非法移民的法律依据。该州的最终公民名单于8月31日形成。该州竟有近190万居民没有出现在名单中。然而，官方并没有说那些不在登记名单之内的人是因为其宗教信仰。
现在已有大量证据表明，当地的人民党积极分子和执政党的支持者们都赞成加快将阿萨姆邦的经验传播到印度其他地区。
几天前莫迪指出，他的政府没有立即建立公民登记册的计划。但西方媒体认为，他的言论与他的党内主要助手、内政部长沙阿的说法相互矛盾。他同时在几个公开场合明确表明了自己的立场，称登记册制度是针对“非法入境者”，而不是针对穆斯林人。
而那些今天反对修改公民法的人认为，该修正案涉及印度2亿穆斯林人。四川大学中国南亚研究中心研究员邱永辉在接受卫星通讯社记者采访时指出，2020年将提供见证印度如何克服这一混乱局面、让自己适应新的政治现实的机会。邱永辉专家还认为，印度最高法院能够做出公正裁决。
她说：“莫迪政府可以说是一个拥有比较深厚印度教背景的民族主义政府。根据其解释，法案主要针对穆斯林国家的移民问题。但是印度国内的穆斯林一般会理解为这是对他们的一种迫害，使得他们沦为二等公民，所以印度政府可能在推行政策时并没有完全解释清楚。另外，莫迪目前已经开始了自己的第二个任期，愈发地朝印度教民族主义的方向前进。现在他已经实现了很多印度人民党和印度教民族主义者早期提出的想法，包括印度教徒优先、将印度建设成印度教国家等等。再结合莫迪政府修建罗摩庙的计划以及公民身份法案的推进，可以看出这些实际上都与建立印度教国家的想法非常吻合。
“不过众所周知，印度的国际环境不大理想，尤其是经济下滑严重。在这样的条件下，莫迪仍然坚持推进公民身份法，正说明他是在向印度教民族主义的政治方向前进，这一点也是引起争议动荡的一个非常核心的问题。从意识形态方面来看，目前世俗的印度、民主的印度和印度教的印度之间产生了非常对立的关系，短期内都不大可能得以解决。从印度政治的角度来讲，印度人民党当前依然控制了大部分的邦，并且在近一年的时间内几乎不会进行大型的邦选举，所以莫迪有一年的时间来处理这一问题。至于混乱的局势会持续多久暂时还无法预见，但是我想在一年之内应该是可以看到这一问题的逐渐消化和修正的结果。印度司法具有独立性，我们相信印度的最高司法机构能够公正地决定公民身份法的上诉问题。可能这是印度的内政，但是它与政治、意识形态有着密切的关系，短期内我个人认为彻底缓解的可能性不太大。”
邱永辉专家在回答中国是否有建立多民族国家且能建议如何摆脱穆斯林人与印度政府对抗的积极经验这一问题时指出：
“我认为，中国依法治国的经验或许值得印度借鉴，即以自由的民主社会主义为基本意识形态，以社会主义价值观为指导，都是为了国家的平稳、安定、繁荣和发展。因为印度目前的经济已经严重下滑，社会的不稳定对于投资和经济的发展都会产生极大的负面影响，再加上印度贫困人口数量庞大，社会极度动荡，在社会改革需要大力推进的背景下，印度应该以发展经济、稳定物价为主，进行大量的社会改革，包括土地改革、提高妇女地位等，我想这些事情都比修建神庙重要太多。始终关注国家的经济发展和民生问题，可能也是中国一个比较成功的经验，在这方面我想‘精准扶贫’印度政府可以尝试学习。否则，如此巨大的贫困人口数量继续存在，对于社会稳定毫无益处。若再掺入宗教因素，发生大量宗教冲突，社会就更加难以保持安定。”
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