吉尔吉斯斯坦有恐怖分子的避难所，其中大部分成员来自中国的新疆。经济上的困难暂时还不允许在国家内建立强大而有效的反恐机构。这让那些来自中国的支持极端主义运动的人可以轻而易举地合法化。吉尔吉斯与邻国以及俄罗斯的密切关系，让他们去其他国家成为可能。
“伊斯兰国”（俄罗斯禁止的恐怖组织）建立后，去叙利亚和伊拉克参战的吉尔吉斯斯坦的人越来越多。很多时候是全家去。根据当地国家有关部门的估计，在“伊斯兰国”参战的吉尔吉斯斯坦人多达500名。来自后苏联空间国家的“伊斯兰国”武装分子回家带来的威胁，是俄罗斯在叙利亚作战的原因之一。
随着吉尔吉斯斯坦形势的复杂化，近年来中国境内的地下恐怖组织也呈活跃趋势。恐怖分子活动的地理范围明显扩大，恐怖活动发生的频率增加，规模加大。
袭击中国驻吉使馆，是一个令人不安的信号，证明本地区的形势有变。长期以来俄中一直担心的中亚局势，正逐渐呈现出负面的发展趋势。老一代有威望的领导人逐渐离去，经济和人口问题愈显突出，极端宗教思想越来越受欢迎。就当前中亚的局势而言，安全无疑高于经济利益。俄罗斯与中国必须开展最大程度地紧密合作，避免非建设性的竞争，并做好对本地区可能出现的突发事件能够做出迅速反应的准备。上合组织和集安组织的地区反恐怖机构在此形势下肩负重任，它们应当通过同该地区所有国家的合作防止形势出现动荡。
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