《报告》指出，菲方军舰长期非法“坐滩”已严重损害仁爱礁珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性和持续性：军舰非法“坐滩”过程对珊瑚礁生态系统造成致命性破坏，其长期“坐滩”又对周边区域珊瑚的生长与恢复产生了较大抑制性影响；非法“坐滩”军舰锈蚀破损导致的重金属析出及菲方生活垃圾与污水排放等对珊瑚的健康生长造成了长期性危害；菲渔船和非法“坐滩”军舰舰上人员在渔业活动中弃置的渔网渔线等对珊瑚礁生态系统健康造成了严重影响。
仁爱礁是中国南沙群岛的一部分，位于南海东南部，隶属于海南省三沙市。仁爱礁礁盘为长楔形环礁，有多个口门，潟湖点礁众多。1999年5月9日，菲律宾57号舰（以下称为“非法‘坐滩’军舰”）在仁爱礁西北侧潟湖坡（9°47.456′N，115°51.383′E）“坐滩”。
自然资源部南海生态中心主任李团结介绍说，25年来，非法“坐滩”军舰长期有人看守，菲船舶、飞机定期为其补给物资。同时，舰上人员焚烧和弃置生产生活垃圾、排放污水；菲渔船和舰上人员频繁在仁爱礁海域开展渔业活动；菲非法运送建筑材料，不断对非法“坐滩”军舰进行加固、给船体涂刷油漆；2017年以后，菲在非法“坐滩”军舰甲板上不断搭建临时设施，约90%的甲板已被覆盖。目前，非法“坐滩”军舰船体已经破败不堪、锈迹斑斑，多处出现破损。
调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。