《华尔街日报》在今年3月报道称，美国检察官已开始与嫌疑人就认罪协议进行谈判，根据该协议，嫌犯可认罪以换取检方放弃死刑要求。
信函说：“很有可能，就本案签署认罪协议，将排除死刑判决的可能性。”
美联社报道说，至少数个恐袭受害者家庭本周收到了这封落款日期为8月1日的信函。联邦调查局在信中要求家庭成员“就达成该协议之可能性的评论或问题”，在周一之前与受害者援助办公室联系。
穆罕默德和其他涉嫌参与恐袭者在2002年和2003年被捕，先是在中情局监狱被关押数年，然后被带到古巴关塔那摩美军基地的一个营地。2012年，军事法庭对穆罕默德和其他4名嫌疑人提出了正式指控。所有5名被告均拒绝回答是否认罪。正式审判的开始日期尚未公布。
观察人士指出，审判之所以迟迟未开始，不仅是由于案件的复杂性，而且主要是由于美国当局在调查过程中，对位于秘密军事基地的嫌疑人实施了酷刑，这一事实被被告的辩护人积极利用。
2001年9月11日，两架被恐怖分子挟持的客机撞上纽约世贸中心双子塔，将两座大厦完全摧毁。另一架被恐怖分子控制的飞机撞上了位于华盛顿的美国国防部大楼西翼，第四架被恐怖分子劫持的客机在宾夕法尼亚州匹兹堡附近坠毁。官方数据显示，纽约2749人死亡，华盛顿189人死亡，宾夕法尼亚州44人死亡。