使馆发表声明称：“绝对没有任何证据，证明如俄方声称的总领事馆上述工作人员实施非法活动的事实。”
此外，根据大使馆消息，领事馆工作人员曾“在失去活动能力的状态下被带走，一直被蒙住眼睛，紧压着双手和头部，并受到恐吓审讯”。
大使馆指出：“俄方的行动明显且严重违反《维也纳领事关系公约》和苏日领事公约，这令人极其遗憾。这些行为是绝对不可接受的。”
日本因此表示强烈抗议，并呼吁俄方严肃对待日方这一抗议。
据悉，为回应该事件，日本外务省副大臣森武雄今日召见俄罗斯驻日本大使米哈伊尔∙加卢金，向其表示强烈抗议，要求俄方正式道歉，以及采取措施避免此类事件再次发生。日本大使馆补充道，日本政府认为必须采取相关措施。
日本大使馆表示，这名领事目前仍在俄罗斯，并应于28日前离开该国。
俄联邦安全局26日表示，日本领事元树辰典因搜集机密信息在符拉迪沃斯托克被捕。这名外交官以酬金获取有关俄罗斯与一个亚太地区国家当前合作领域、西方制裁政策对滨海边疆区经济形势影响的内部信息时被当场抓获。元树辰典在该局发布的视频中对违反俄罗斯法律表示认罪。 据悉，日方通过外交渠道表示抗议，而领事本人被宣布为不受欢迎的人。外交官应于48小时之内离开俄罗斯。