台湾去年在维尔纽斯设立正式代表处后，立陶宛与中华人民共和国的关系恶化。中国外交部向立陶宛提出了抗议，称维尔纽斯违反了与北京交往的重要原则，即一个中国的原则。随后，中国政府将与立陶宛的外交关系降级至代办级。
据中时新闻网报道，针对台湾是否比照驻立陶宛代表处的模式，推动其他“驻外馆处”以“台湾”名称对外。吴钊燮表示，“对此采开放态度，但非目前的首要任务，现阶段台湾全力守护并深化与立陶宛的各项实质关系。”
他还宣称，有部分人士认为名称是导致中国报复立陶宛的原因，但国际社会，包括美国、欧盟及欧洲国家等，都以“台湾”称呼台湾，这是事实陈述。自称“台湾”并非挑衅，反观中国（大陆）企图在国际社会及国际组织不当称台湾，才极具挑衅。
中国外交部发言人汪文斌曾强调，立陶宛背信弃义，公然违背同中华人民共和国建交时向中方所做的政治承诺，在世界上制造“一中一台”，在国际上开创恶劣先例，性质极为恶劣。中国坚决捍卫国家主权和领土完整，坚定维护自身的核心利益。
针对民进党当局宣布将在立陶宛设立“代表处”，中国国台办发言人朱凤莲曾表示，“台湾是中国的一部分。我们反对我建交国与中国台湾地区发展官方关系。我们敦促立陶宛恪守一个中国原则，不要向‘台独’势力发出错误信号。”
发言人指出，民进党当局和“台独”势力的设“处”闹剧目的是谋“独”。再怎么折腾，也改变不了台湾是中国一部分的事实，撼动不了一个中国的国际格局。