事故发生后，中国国务院、省、州领导立即作出批示指示，四川省、甘孜州与丹巴县共同成立“1·12”关州水电站透水事故应急处置前线指挥部，下设综合协调、应急救援、善后处置、事故调查等10个小组，截至1月13日15：30，省、州、县派出救援力量，已组织应急、公安、消防、医疗卫生、水利、电力、通讯等535人、救援车29辆，挖掘机8台，水泵40台，全力开展抢险救援工作。
据前线指挥部相关负责人介绍，被淹水电站机房共3层，长88.4米，宽49.7米，高14.6米，体积约64144立方米，河面海拔高程1849米，比厂房内轮机海拔高程1841米高8米，导致河水返渗；三号机尾水闸门受水流冲击变形，难以合闸止水，厂房内积水难以排除。此次救援主要难度集中在降低厂房水位，主要问题集中在河床水位高于厂房水位，且无法彻底关闭闸门，返渗情况严重。事发后当地天气寒冷，12日下午至晚上还有断续降雪，被淹水电站机房负二层至负一层仅有约1米宽的楼梯，通道狭窄，也为水下救援增加了难度。
为防止次生灾害发生，中国住建、交通、自然资源部门正对关州水电站厂房、周边民房及道路等区域进行现场踏勘，对地灾和房屋安全隐患进行评估；同时，对关州水电站上下游开展巡河工作，排查受灾情况，开展相关搜救。事故调查组正依法依规科学开展事故调查，尽快查明事故原因后，及时向社会公布。