台湾以其在世贸组织中使用的名称——台湾、澎湖、金门和马祖单独关税区——申请加入CPTPP。同时，观察人士不排除CPTPP在集体决定邀请台湾开始伙伴关系谈判时，一些CPTPP成员可能会提议将其视为一个“国家”。在一系列成员国与台湾进行双边谈判过程中也不排除会有违反“一个中国”原则的风险。尤其是日本、加拿大和澳大利亚近期经常利用台湾问题对中国大陆加强政治施压。
与此同时，俄罗斯科学院远东研究所所长阿列克谢·马斯洛夫在接受卫星通讯社采访时表示，认为接纳台湾作为经济体加入这一伙伴关系没有问题：
“这完全取决于CPTPP秘书处的立场。审议申请有两种形式，一是审议来自国家的申请，如上合组织、欧亚经济联盟的做法，二是审议来自经济体的申请。例如，在亚太经合组织中，台湾被视为经济体，而不是国家。这一切都取决于CPTPP如何看待台湾——将其视为经济体还是国家。我认为接纳台湾作为经济体加入没有问题，就像世贸组织那样。至少我还没有听到中国有关反对台湾作为经济体参与其中的正式言论。毕竟在亚太经合组织，这两个经济体是坐在同一张桌子上谈判的。”
时事评论员、中国人民大学重阳金融研究院高级研究员周戎认为台湾递交申请是一种挑衅方式，以提醒他们坚持“一中一台”的立场。专家警告称，中国政府将坚决反对，对那些迎合台湾的国家采取相应措施：
“ 过去台湾以“中华台北”等名义参加奥运会或者加入一些国际组织，包括在西方国家建立台北事务代表处、建立非官方的联系，都是中国大陆所能接受的，因为台湾的身份是中国的一个地方当局。但是此次台湾意图以主权国家的身份加入CPTPP，触动了中国核心利益的底线，是绝对不能容忍的。众所周知，不久前立陶宛率先允许台湾当局以“台湾”名义设立“代表处”，就是对我国主权的侵犯。”
"当前台湾的目的就是尽可能把台湾的非正常身份变成正常的国家身份，实质性地创造“一中一台”的局面。当然，台湾这一明确的目标也与整个西方反华的大气候相关。凡是在涉疆、涉藏、涉港、涉台等问题上，西方都已经由原来的政治层面反华转为了国家政策的反华，比如涉疆问题现在已经开始影响到了中欧之间的贸易谈判。所以台湾的行动也是在配合美西方的反华大合唱，趁机浑水摸鱼，让中国政府顾此失彼。"
"我认为台湾申请加入CPTPP容易，但是加入进组织是比较困难的。毕竟这触碰了中国的核心利益底线，中国政府不仅会坚决反对，也会对所有同意台湾加入的国家采取相应的措施。"
阿列克谢·马斯洛夫在评论台湾“贸易代表”关于大陆可能对该岛制造障碍的声明时指出，中国加入CPTPP是为了扩大合作。考虑到这一点，台湾的立场是相当薄弱和不正确的。
“总的来说，中国对加入CPTPP的立场是非常有建设性的。早在5-6年前，TTP的创建首先被视为对中国经济实力的某种对抗。中国恰好不希望亚太地区的经济合作被破坏，因此也申请加入CPTPP以扩大合作。这是一个非常正确的建设性立场，戳穿了中国只追求自身利益的无稽之谈。相反，中国愿与伙伴关系中的所有伙伴进行互利合作，因此台湾在这里的立场是相当薄弱和不正确的。”
台湾于9月22日正式申请加入CPTPP，距离中国递交申请不到一周。专家马斯洛夫进一步指出，在递交和审议申请方面没有先后。同时他回忆称，最初台湾在TTP成立期间没有隐瞒想加入这一组织。考虑到这一点，中国有可能故意提前出手，这是绝对正确的。
到目前为止，CPTPP还没有向中国大陆或台湾发出有关开启谈判的集体邀请。然而，这并没有妨碍台北政府急于指出其申请加入可能存在的政治障碍。如果他们看到自己有“风险”，原则上可能不会提交申请，或者稍后再提交。也许这种冲突局面是有意造成的，台湾多半想在CPTPP审议中国申请期间制造困难和障碍。