9月12日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例49例。其中境外输入病例27例（云南17例，上海5例，广东3例，四川1例，陕西1例），含1例由无症状感染者转为确诊病例（在四川）；本土病例22例（均在福建，其中莆田市15例、泉州市6例、厦门市1例），含2例由无症状感染者转为确诊病例（均在福建）。无新增死亡病例。无新增疑似病例。
当日新增治愈出院病例38例，解除医学观察的密切接触者639人，重症病例较前一日减少1例。
境外输入现有确诊病例597例（其中重症病例6例），现有疑似病例3例（核增1例）。累计确诊病例8645例，累计治愈出院病例8048例，无死亡病例。
截至9月12日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例751例（其中重症病例6例），累计治愈出院病例89861例，累计死亡病例4636例，累计报告确诊病例95248例，现有疑似病例3例（核增1例）。累计追踪到密切接触者1171158人，尚在医学观察的密切接触者12320人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者28例，其中境外输入15例，本土13例（均在福建莆田市）；当日转为确诊病例3例（境外输入1例）；当日解除医学观察10例（境外输入8例）；尚在医学观察的无症状感染者411例（境外输入359例）。
累计收到港澳台地区通报确诊病例28296例。其中，香港特别行政区12145例（出院11846例，死亡212例），澳门特别行政区63例（出院63例），台湾地区16088例（出院13742例，死亡839例）。
截至2021年9月11日，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团累计报告接种新冠病毒疫苗214258.0万剂次。