研究作者发现，长期受抗生素影响，小鼠肠道菌群的多样性大大减少，它们的肠道内会出现两种微生物群落的一种，科学家称之为PAM I和PAM II。PAM I菌群由韦荣球菌科(Erysipelotrichaceae)的革兰氏阳性菌主导，PAM II菌群由毛螺菌科（劳特氏菌（Blautia） 和粪球菌属 （Coprococcus））主导。
“具有PAM II菌群的小鼠在生命后期显示出胰岛素抵抗增加，这表明代谢功能障碍，还会显示出许多不同组织（包括血液、肝脏和大脑）的炎症水平显著升高。” 林恩称，“具有PAM II菌群的小鼠死亡率约是具有PAM I菌群小鼠的两倍，虽然两组小鼠是暴露于同样抗生素的同窝小鼠。”
虽然两组小鼠的微生物群组在受抗生素影响数周之后恢复正常，两组之间的差异在小鼠生命的102周内一直存在，具有PAM II菌群的小鼠会在很久之后出现代谢紊乱和炎症等不良反应。
科学家称：“我们的数据表明，服用抗生素后重新填充肠道的微生物，会对哺乳动物免疫系统重建产生长期影响，包括影响新陈代谢甚至寿命。”
为了证明结果差异来源于新形成的微生物组差异而不是抗生素本身，研究人员用 PAM I 和 PAM II 菌群重新填充无微生物组的模型小鼠肠道。 实验结果显示，与PAM I组相比，PAM II组小鼠的免疫系统发生了相同的变化。