4月29日有报道称，两国已经达成协议，商定停火，部队撤回到原来的驻地。
报道援引新闻处人士的话指出，“马克萨特村吉尔吉斯人的房屋在起火燃烧，当地居民已经疏散到马尔贡、达尔宏和达尔加斯村。此外，阿尔卡村的加油站、路边商铺已经被烧毁。”
报道称，虽然达成了停火协议，但阿尔卡、多斯图克和扎什迪克村依然在交火。
吉尔吉斯和塔吉克斯坦边防局4月28日分别通报了两国边界巴特肯地区发生冲突的情况。当时塔方人员试图在电线杆上安装摄像头，而吉方则试图锯倒，于是双方开始互相投掷石块。4月28日夜间冲突恶化，双方开始枪战，各有3名公民因此死亡，超过100人受伤。晚间双方达成协议，一致同意自莫斯科时间17时起停火，兵力撤回到原来的驻地。
吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦国界的两国当地居民或边防人员经常爆发冲突，主要原因是两国边界无法划定。