联合国法外处决、即审即决或任意处决问题特别报告员卡拉马尔以及促进和保护意见和表达自由权特别报告员艾琳·汗在此前发给俄罗斯政府的正式信函中表示，“俄罗斯当局向德国、法国、瑞典三国相关部门负责人发出六封正式信函，请求各方予以协助，其中包括以访谈形式询问阿列克谢·纳瓦利内、负责纳瓦利内在德治疗的医生以及纳瓦利内在德陪同人员。目前，（三国）授权官员看来是拒绝进行合作”。
纳瓦利内于2020年8月22日至2021年1月17日在德国逗留期间，作为德国总理默克尔的私人客人，他受到德国安全部门的保护。 2020年8月22日至9月23日，在柏林夏里特医院（Charite）接受治疗期间，纳瓦利内受到在医院周边值班的警察的保护。柏林警方和德国内政部证实了这一消息。据媒体报道，特工部门人员还在他所在楼层的病房附近值班。
1月17日离开德国那一天，纳瓦利内和他的妻子尤莉亚被带闪光灯的汽车直接带到飞机登机梯旁。据媒体报道，这对夫妻的飞行登记由德国警方人士办理。
2020年8月20日，俄反对派人士阿列克谢∙纳瓦利内在托木斯克至莫斯科的航班上出现不适，飞机在鄂木斯克紧急降落后他被送往当地医院。鄂木斯克医院方面称在纳瓦利内的血液和尿液中均未发现有毒物质。纳瓦利内的家人争取到俄当局允许后用专机把他送到德国夏里特医院治疗。德国联邦国防军实验室，以及瑞典、法国等多个独立欧洲实验室宣布从纳瓦利内的化验样本发现诺维乔克类毒剂的痕迹。
2021年1月17日，纳瓦利内在德国治疗后返回俄罗斯，在莫斯科谢列梅捷沃机场入境时被拘留。俄联邦惩罚执行局表示，由于纳瓦利内在缓刑考察期内多次违反缓刑规定，法院应就缓刑改实刑的问题作出裁决。法院次日批准逮捕纳瓦利内。2月2日，莫斯科西莫诺夫斯基法院将纳瓦利内的缓刑改判实刑，判处他3年半监禁。将被软禁的时间折合为刑期后，纳瓦利内将实际服刑2年零8个月。纳瓦利内有两起经济犯罪案件的缓刑案底，但他宣称自己无罪，认为受到政治迫害。
美国、德国、法国和英国等西方国家呼吁俄罗斯当局释放纳瓦利内。俄罗斯外交部就此发表评论时，建议外国政治家尊重国际法，专注于解决自己国家的问题。