9月17日，纳瓦利内的Instagram官方账户中出现了一份声明，声称在托木斯克Xander Hotel宾馆房间的瓶子上发现了他疑似被投毒的“诺维乔克”类毒剂。声明还说，反腐败基金工作人员在得知纳瓦利内住院后叫来一名律师，进入纳瓦利内刚刚离开的房间，开始记录、查抄和包装他们所发现的一切，包括宾馆装水的瓶子。声明说，这些瓶子被交给德国实验室，两周后发现了毒剂的痕迹。
对于卫星通讯社提出的外人如何进入纳瓦利内房间的问题，托木斯克宾馆管理员说，反腐败基金和纳瓦利内总部的工作人员对她讲了纳瓦利内在飞机上发生的情况，在与宾馆领导协商后，决定让他们看房间。
这位年轻女士对卫星通讯社说：“我们做出了让步，决定给他们看。万一是迷你酒吧的什么东西引起的食物中毒呢。生活中什么都可能发生，从来没有这样的事……我当面给他们看了。”
8月20日，俄反腐基金会创始人纳瓦利内在托木斯克至莫斯科的航班上出现不适，飞机在鄂木斯克紧急降落后被送往当地医院。俄反腐基金会新闻秘书亚尔梅什称，纳瓦利内在航班起飞前曾在机场的咖啡店喝过茶，认为他可能是中毒。鄂木斯克医院方面给出的主要诊断是血糖急剧下降引起的代谢紊乱，指出其血液和尿液中均未发现有毒物质。
8月22日，德国医疗队把处于昏迷状态的纳瓦利内用飞机运往柏林夏里特医院。
8月24日，夏里特医院作出胆碱酯酶抑制剂类物质中毒的初步诊断。德国政府9月2日发表声明称，德国联邦国防军实验室确定纳瓦利内是诺维乔克类毒剂中毒。俄总检察院此前向德方提出过就纳瓦利内事件提供法律援助和调查的请求，德方表示将及时反馈。
俄罗斯总统新闻秘书佩斯科夫9月4日在回答记者提问时说，有关纳瓦利内情况的侦查行动已经展开，如果确认是中毒，也将进行正式调查。
柏林夏里特医院9月7日发布消息称，纳瓦利内的病情好转，已从昏迷中醒来。