原为男性的沃卓斯基姐妹分别于2012年和2016年正式宣布变性，很多粉丝开始从《黑客帝国》中寻找与跨性别有关的各种隐喻和“彩蛋”。
其中最流行的一种说法是，尼奥（基努·里维斯饰演）与自己的理智对抗时感受到的不安实际上是一种“性别焦虑”的隐喻，而让主角看到真实世界的“红色药丸”则与激素疗法有关。
如今，莉莉·沃卓斯基已证实一切，并解释称，她们的“初衷”是让影片成为“性别认同的寓言”。
她表示：
“我很高兴，很多人注意到了这一切，毕竟这也是我们的想法。但当影片上映时，这个世界并没有做好接受这种思想的准备。”
莉莉·沃卓斯基还提到了Switch（贝琳达·麦克洛里饰演），第一部里的一个角色，与墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰演）合作。事实上，Switch也与跨性别有关。在《黑客帝国》的虚构世界里，Switch变成女性并非偶然，而在现实世界中，Switch是名男性。
《独立报》报道称，受新冠疫情影响，《黑客帝国》第四部宣布停拍，不久前已恢复拍摄。