16日起，北京恢复社区封闭式管理、严格口岸食品检验检疫、调整公共交通限流比例；同时“自我隔离”，实施严格进出京管控，严防疫情外散。
截至6月16日，自6月11日以来，北京市已经有27个街乡升级为中风险地区，1个升级为高风险地区(丰台花乡地区为高风险地区)。
截至6月16日，自6月11日以来，北京市已经有27个街乡升级为中风险地区，1个升级为高风险地区(丰台花乡地区为高风险地区)。
二级应急响应下，坚持“严格社区封闭式管理和健康监测，严格进出京管控”等“九严格”措施的同时，北京16日晚还出台了15条加强的防控措施。如，恢复社区封闭式管理，落实测温、查证、验码、登记等措施后方可进入。高风险街道(乡镇)所辖小区(村)进行全封闭管控，人员只进不出、进行居家观察并做核酸检测。
16日，北京还明确，
“中高风险街乡、新发地市场相关人员禁止离京，其他人员坚持‘非必要不出京’，确需离京的须持7日内核酸检测阴性证明。”
报道称，北京市调整应急响应级别和防控策略前后，北京首都机场和大兴机场16日-17日航班出现大面积取消。截至16日23：45，17日首都机场计划出港航班已取消(含可能取消)163架次，取消率约为41.48%；大兴机场计划出港航班已取消76架次(含可能取消)，取消率约为39.79%。
此外，北京市交通委下发通知，为做好疫情防控工作，阻断疫情通过出租车(含网约车)、顺风车传播，15日起，暂停北京市出租车(含巡游车、网约车)、顺风车出京运营业务。