古城内印加帝国的宫殿荒废了数个世纪，一百年前才在安第斯山脉茂密的丛林之中被指到，这些宫殿地处海拔2500米的高处。马丘比丘古城的建筑规模和华美程度至今仍使游客称奇。
古城建在高山上的偏隅之地，这本身也令人惊讶。巴西地理学家梅内加特（Rualdo Menegat）在美国地质学会会议的发言中对这一谜团给出新的解释。他称印加帝国的石匠是真正的大师，将马丘比丘建在陡峭的山坡上是有意为之。
科学家分析卫星观测和实地观测的数据后，绘制了详细的古城周边岩石断层图。密集的断层图细致到单块岩石的小裂缝，还标注出整个地区的最大断层--这一断层长达175公里，决定当地山谷的方向。梅内加特从中发现了特殊之处：大部分裂缝从西北方向向东南方向延伸，或者从西南方向向东北方向延伸，正好在马丘比丘地区交叉成一个字母X的形状。
古城、古城的建筑、山坡上的田野都朝向这几个重要的方向。据科学家推测， 建造者故意利用了地理环境的特点，已经沿需要的方向断裂开的石头和整块的岩石能大大减轻他们的工作负担。梅内加特认为，要是不想出这种巧技，这么大型的山上工程是无法完成的。
古城地处山隅还有另外一些好处。附近岩石的裂缝能将山顶纯净的融雪和雨水引向农田，而遇上当地时有发生的雷暴天气，这些裂缝又能让雨水快速下流至山谷，而不至于危害古城。这也难怪古城已经屹立500多年。