使用转基因蚊子对抗蚊子传染疾病的风险是最为创新和最具前景的方法之一。大量放生的转基因雄蚊与普通的野生雄蚊相竞争，与雌蚊交配，但它们不能生下可以存活的后代。
根据计算和初步测试，在特定地区实施这样的计划能将蚊虫数量减少到85%，与此同时，黄热病、寨卡病毒和疟疾的传播也会得到控制。转基因雄蚊生下的蚊虫无法活到生育年龄，它们的基因无法在种群中传播。
美国食品药品监督管理局(FDA)已批准使用Oxitec公司培育出的转基因蚊子开展实地试验。其中一项实验在在巴西雅卡宾诺市（Yakobino）郊外举行，那里连续27个月每周放生大约45万只转基因雄性埃及伊蚊。耶鲁大学的杰佛瑞·鲍威尔（Jeffrey Powell）团队在《科学报告》（Scientific Reports）期刊上发布了这项工作的结果。
为观察实验进程，遗传学家在放生之前对转基因蚊子和野生蚊子的DNA进行取样并分析，之后又分别在6个月、12个月、27个月和30个月后进行分析。与预期相反，实验蚊子不仅没有消失，还渐渐在当地蚊子种群中扩散，大约3%至4%的后代存活下来并生育后代，这就已经很多了。
起初当地蚊虫数量急遽减少，但蚊子种群在18个月之后就开始恢复。科学家认为，雌蚊通过某种方式学会了判断"有缺陷"的转基因雄蚊，并避免与它们交配。之后，新基因开始传播。
现在蚊子种群内不仅有当地蚊子的遗传基因，还有用作培育转基因雄蚊的古巴和墨西哥样本蚊基因。遗传学家认为，实验结果显示，因为基因的多样性得以增加，蚊子种群甚至变得更加难以消灭。