此前抗生素被用作对抗"水果作物火疫病"，这是一种由解淀粉欧文氏菌（Erwinia amylovora）引起的疾病，会危害苹果树、梨树和其他一些树木。从2016年开始，抗生素越来越多地用于柑橘种植园，以对抗由韧皮部杆菌属（Liberibacter）细菌引起的所谓"黄龙病"。这种病来自中国，2009年首次传到美国。现在佛罗里达州种植园约有90%的柑橘树已被感染，几年后必将死亡。美国国家环境保护局准备批准在佛罗里达州和加利福尼亚州的柑橘种植园大量喷洒链霉素和土霉素抗生素。该措施不能根治这种病害，但可将被感染树木的寿命延长数年，减少部分经济损失。
但科学家对作物种植中越来越多地使用抗生素感到不安。他们指出，这项措施对植物微生物群落的影响至今尚未研究清楚。微生物可以促进植物生长，保护植物不受各种病原体的侵害。此外，不能排除对韧皮部杆菌属细菌使用抗生素后会出现耐药性菌株，就像果树火疫病的病原体中已经出现这种情况一样。
此外，由于细菌基因可在不同物种之间进行水平转移，抗生素抗性基因可以像接力棒一样从植物病原体转移到土壤细菌，再进一步转移到引发人类疾病的细菌。
一些研究人员认为，在园艺领域大量使用抗生素还为时尚早。如果这一措施不可避免，科学家坚称应进行独立研究，以确定抗生素对环境的影响。