正像莫瑞拉斯指出的那样，考古学家早就注意到马丘比丘的许多文物和建筑物的状况在过去几十年中已经明显恶化。许多科学家开始将它们的变坏与这些古迹的表面所覆盖微生物的生长这一情况联系在了一起。
"这些微生物，包括藻类和真菌，通过微裂缝和其它损坏处渗入纪念碑。它们将自己附着在花岗岩表面，开始从中吮食矿物质，逐渐摧化岩石，岩层碎成粉末，导致岩石逐渐消失。" 西班牙毕尔巴鄂巴斯克大学的化学家赫克托·莫瑞拉斯说道。
然而，有一些研究人员不认同这一理论，他们认为正是微生物保护了马丘比丘免受破坏，让雨滴和空气中的各种侵蚀性物质难以与花岗岩相互作用。