11个国家的代表对日本帝国参与军事犯罪的军政要员进行了审判。但在美国的坚持下，并非所有人都得到应有的惩罚。
三个等级
远东国际军事法庭是为了落实波茨坦宣言第九条而成立的。宣言指出，"所有罪犯，包括对俘虏施以暴行的人，都应被严厉惩罚。"
日本政府根据投降书而不得不接受审判。审判地址选在早前帝国军队总司令部在东京的所在地。
所有指控分为三个等级。"甲级"指的是与计划和实施侵略战争的反和平犯罪有关，仅适用于日本帝国高级领导层；"乙级"包括大规模屠杀所有指控；"丙级"指的是危害人类罪。
1945年9月11日，也就是二战结束一周后开始对犯罪嫌疑人实施大搜捕。大多数罪犯是东条英机政府要员。东条英机曾任关东军司令、陆相和日本首相。正是在他的旨意下，帝国军队开始在占领区实施暴行，其残暴程度甚至不低于纳粹德国刽子手。
南京地狱
法庭特别关注南京大屠杀。据各方评估，在此期间，日本军人共杀害了20万到50万平民。当时，日本朝香宫鸠彦王批准了南京大屠杀行动，而大规模杀戮，也得到日本裕仁天皇的批准。但没有一位日本皇族成员受到惩罚。按照美国方面的要求，这些人免于刑事侦查。美方当时已计划将日本纳入到自己的势力范围，原谅了民间受欢迎皇族的所有罪行。
逃脱法庭审判
东京审判最大的不公之处在于，臭名昭著的研制生物武器的"731部队"的研发人员被免于处罚。在该部队营地，13年时间里，针对军事俘虏和平民进行了残暴试验。据各种评估，"731"部队共杀害了3000到1万人，而其中的1/3是苏联平民。
1949年12月，日本12位参与者在哈巴罗夫斯克法庭接受审判，他们被判处2到25年刑期。但是，历史并未恢复公正。按照美国要求，"731部队" 司令石井四郎和其副手及各小组长并未遭到远东军事法庭的审判。美国政府对研制有效生物武器感兴趣，他们试图获得"731部队"的研究成果。石井四郎和其助手在审判前被秘密带到美国。战后，他们成为成功且著名的医生。