他称：“对于这种情况深表遗憾。作为财务大臣打算尽一切努力采取必要措施，并确保不再发生类似事件，其中在仔细保管文件问题上。”
日本财务省6月5日进行的内部调查结果显示，根据一名财务省高层官员的指示，可能涉及首相安倍晋三、其妻子安倍昭惠及其密友财务大臣麻生太郎的教育机构“森友学园”舞弊丑闻中的重要文件被部分或全部删除。虽然调查报告没有涉及麻生太郎的名字，但作为财务大臣他声称对此事负责，并承诺将退回其一年的薪水。实际上，退回议会议员工资的财务大臣职位附加工资170万日元（约合1.6万美元）。
他没有提到同时向国家退回议员工资的问题（年工资平均为25至30万美元）。清楚麻生太郎期望不清楚，但有关应退回金额的声称只是火上浇油。麻生太郎是现任内阁中最富有的成员之一，他的财产约为500万美元。
5日早上，日本财务省公布了一份有关篡改教育机构“森友学园”文件案的报告。2017年2月围绕私人教育机构“森友学园”的丑闻爆发，因为该机构以1亿日元（约合94,3万美元）购得幼儿园建设用地，而该地段估价为8亿日元（约合700万美元），是市场价的八分之一。
此外，还出现了对其是否公正获得国家建园许可的怀疑，以及揭露出建设开支定得太高，本导致该机构获得国家补贴。据怀疑，“森友学园”领导层可以如此行事，是因为其与国会和日本政治精英高层有关系。据调查结果，安倍首相夫人不止一次到访属于“森友学园”的幼儿园。该机构理事长笼池泰典被捕。丑闻开始降温，不再与首相的名字联系在一起。
《朝日新闻》3月公布的消息显示，在财务省提交审查的文件中，带有安倍夫妇和财务大臣麻生太郎名字的片段被删除。该省开始进行内部调查。