当飞机爬升时，飞机内的压力下降，溶解在体液内的气体会形成气泡并向外爆裂。有些人觉得在耳朵里有轻微的刺痛感，甚至肠胃鼓胀；在飞机下降时则相反，耳膜和鼻窦感受到压力。
在高空，湿度很低，大概总共只有20%。因此，在飞行过程中，经常会有皮肤干燥、鼻咽刺激、咳嗽、打喷嚏的感觉。
巴西米纳斯吉拉斯联邦大学的科学家指出，机舱内的情况很可能会有助于形成血栓性静脉炎。由于坐着不动、高空低氧和低湿度，在飞行数天或数周后就会发展成血栓性静脉炎。此外，肥胖人士、服用激素避孕药或接受激素替代疗法的人、癌症患者都是患上此病的风险人群。遗传性体质、年龄、不良生活习惯及其他因素都是形成血栓的原因。
太阳、尤其是宇宙辐射会破坏DNA细胞。在地球上，大气层保护人们免受宇宙射线和太阳辐射。人们飞得越高，大气层就越稀薄，受到的辐射就越多。飞机机身只能挡住紫外线，能吸收的辐射量却很小。
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